La historia de Skylanders: Swap Force para Nintendo 3DS comienza en Boomtown, hogar del piloto más famoso de Skylands, Flynn. En la ciudad están celebrando una fiesta a su héroe local, pero un nuevo villano conocido como Conde Moneybone hace una parada en la ciudad para secuestrar a Cali, amiga de Flynn y de los Skylanders. Es el momento para que los Maestros del Portal de todos los rincones del mundo den vida a sus personajes Swap Force, salven a Cali y derroten al malvado Conde Moneybone.
Al igual que el resto de versiones, Skylanders: Swap Force llegará a 3DS a partir del 18 de Octubre del 2013.